Son style d’écriture mêle différents genres, notamment la saga d’aventure, la science-fiction, de l’entre-deux-guerres et le faux conte philosophique.
Dans la plupart de ses romans, Bernard Werber utilise la même forme de construction, alternant des articles informatifs d’encyclopédie et deux ou trois fils narratifs. Les articles précisent ou élargissent les intrigues, ces deux dernières se recoupant épisodiquement.
De plus, toutes ses productions, par exemple ses romans et ses nouvelles, s’entrecroisent. On retrouve ainsi des personnages comme Edmond Wells à la fois dans la trilogie des Fourmis et dans L'Empire des anges, mais également des thèmes récurrents, comme « l’Arbre des possibles » d’Isidore Katzenberg, ou encore le roman Nous les dieux, reprenant des éléments de la nouvelle L’École des jeunes dieux.
Dans deux romans, Bernard Werber décrit des auteurs de littérature. Ainsi sont présentés des auteurs qui, à la fin de leur vie, écrivent un dernier livre qui donne un sens à l’œuvre entière de Werber. En ayant préalablement noté une certaine similarité des personnages, des thèmes et du style de son œuvre, on peut en conclure qu'il essaye de donner une certaine cohérence aux idées qu’il développe.
Depuis 1996, Bernard Werber a décidé de sortir un livre par an, à chaque début d'octobre, avec à ce jour deux exceptions : 1999 et 2011, où ne sont sorties que des bandes dessinées. Après la rentrée littéraire, l’objectif est de « proposer au public autre chose que de possibles prix Goncourt »8.
Bernard Werber est membre d'honneur de l'Institut de recherche sur les expériences extraordinaires, une association ayant pour vocation la sensibilisation des professionnels en santé mentale, des médecins et des soignants en général, aux expériences extraordinaires ou inhabituelles.
« Il est temps de sortir des clivages bipolaires habituels avec un monde officiel et un monde irrationnel. Il y a des faits, il y a des événements et il importe d’en parler normalement sans