Le Cytomètre de flux :

Le cytomètre en flux est un appareil permettant la quantification et la qualification individuelle de cellules en fonction de leur taille, de leur fluorescence (liée aux pigments naturels ou aux marqueurs fluorochromiques) en réponse à une stimulation lumineuse.

Le cytomètre en flux détecte la capacité d’une cellule à diffracter la lumière incidente et à émettre une fluorescence.
L’échantillon entre sous pression dans la chambre d’analyse, entouré par un liquide de gaine de même salinité. Les cellules s’alignent dans le liquide de gaine pour passer une par une devant la source lumineuse (laser).
Les cellules sont caractérisées par leur taille, leur structure interne, et leur fluorescence (naturelle ou induite) grâce à différents photomultiplicateurs (FL1, FL2, FL3, FSC, SSC ) qui enregistrent simultanément toutes ces caractéristiques des cellules nécessaires à l’analyse.

D’une part, tous microorganismes autotrophes possèdent de la chlorophylle (pigment naturel), qui, sous l’excitation du laser, émet une fluorescence rouge quantifiée par le capteur FL3 (λ= 650 nm). Les cyanobactéries (procaryotes autotrophes) sont caractérisées par leurs pigments accessoires (phycobilines) qui émettent une fluorescence orange quantifiée sur le capteur FL2 (λ= 585 nm).

D’autre part, pour la quantification des microorganismes hétérotrophes comme les bactéries qui ne possèdent pas de fluorescence naturelle, on utilise des marqueurs fluorochromiques. Le Sybergreen I (détecté sur le capteur FL1 ; λ= 530 nm) est utilisé pour les bactéries, c’est un marqueur de l’ADN et de l’ARN. Il est susceptible de marquer toutes les cellules présentes.

Enfin, la taille relative des cellules est déterminée grâce à la lumière diffractée aux petits angles (entre 1 et 10°), elle est détectée sur une diode le Forward scatter (FSC pas très précise). La lumière diffractée aux grands angles ( 90°) est proportionnelle à la granularité de la cellule et à son