Les documents analysés par Hisham al-Hashimi ont également permis une meilleure connaissance de l'organisation interne du groupe[169]. Autour d'Abou Bakr al-Baghdadi, sept hommes composent le « gouvernement » de l'État islamique en Iraq et au Levant :

Abou Abdul Kadr (Shawkat Hazem al-Farhat), chargé de l'encadrement ;
Abou Mohamed (Bashar Ismail al-Hamdani), chargé des prisonniers ;
Abou Louay/Abou Ali (Abdul Wahid Khutnayer Ahmad), chargé de la sécurité ;
Abou Salah (Muafaq Mustafa Mohammed al-Karmoush), chargé des finances des provinces irakiennes ;
Abou Hajar al-Assafi (Mohammed Hamid al-Duleimi), chargé de la coordination entre les provinces et courrier ;
Abou Kassem (Abdullah Ahmed al-Meshedani), chargé de l'accueil des combattants arabes et étrangers, notamment de leur logement, et peut-être du transport des kamikazes ;
Abou Abdul Rahman al-Bilawi (Adnan Ismail Najem Bilawi), ancien capitaine de l'armée irakienne sous Saddam Hussein, chef du conseil militaire pour les provinces irakiennes ; tué le 5 juin 2014 à Mossoul. Abou Omar al-Chichani lui succède en tant que commandant de toute l'armée de l'État islamique[170],[171].
Deux adjoints se partagent les affaires syriennes et irakiennes :

Abou Ali al-Anbari, ancien général de l'armée de Saddam Hussein sans doute originaire de Mossoul, chargé des opérations en Syrie ;
Abou Muslim Al-Turkmani (Fadel Ahmad Abdullah al-Hiyali), chargé de la gestion des provinces irakiennes, sous l'autorité duquel se trouvent les six gouverneurs :
Abou Nabil (Wissam Abed Zaid al-Zubeidi), gouverneur de la province de Salah ad-Din ;
Abou Fatma (Nena Abed Naif al-Jubouri), gouverneur de la province de Kirkouk ;
Abou Fatma (Ahmed Mohsin Khalal al-Jihaishi), gouverneur de l'Euphrate central et méridional ;
Abou Jurnas (Rathwan Talib Hussein Ismail al-Hamduni), gouverneur des zones frontalières ;
Abou Abdul Salem/Abou Mohammed al-Sweidawi (Adnan Latif Hamid al-Sweidawi), ancien lieutenant-colonel de l'armée de