Conditionnée par les circonstances d’une anecdote particulière, mais qui a valeur de parabole, la morale de la fable acquiert une portée universelle. Elle constitue la composante indispensable de la fable, sa spécificité intrinsèque ; pour autant sa formulation est variable. Florian, en effet, joue en permanence de la place qu’il lui attribue : certaines fables restent traditionnelles dans leur structure, comme Le Vieux arbre et le jardinier (II, 2), La Pie et la colombe (II, 14) ou Les Deux voyageurs (I, 4) où le récit est séparé de la morale, énoncée à la fin en deux vers, dans la lignée des fables d’Esope. La fable ouvre parfois sur plusieurs morales (L’Ecureuil, le chien et le renard, IV, 2). Le récit peut aussi être inséré entre deux développements moralisateurs, qui l’introduisent et le concluent : c’est le cas dans Les Deux persans (II, 18). Au contraire, d’autres fables se limitent au simple récit, le lecteur devant trouver lui-même le sens de la fable : c’est le cas dans Le Bouvreuil et le corbeau (II, 6) ou Le Roi Alphonse (III, 9). Dans Le Chat et le miroir (I, 6), la morale est anticipée car déjà contenue dans l’apostrophe au lecteur qui ouvre le récit ; dans L’Enfant et le miroir (II, 8), elle est simplement allusive.

Ses formules proverbiales sont souvent reprises de la tradition, mais parfois aussi forgées par lui, car, par un juste retour des choses, il fournit autant matière à la sagesse populaire qu’il en tire parti. Il a ainsi transmis à la postérité bien des adages ou expressions, comme :

"Chacun son métier, les vaches seront bien gardées" (Le Vacher et le garde-chasse, I, 12),
"Sans un peu de travail on n’a point de plaisir" (La Guenon, le singe et la noix, IV, 12),
"Eclairer sa lanterne" (Le Singe qui montre la lanterne magique, II, 7),
"Verser des larmes de crocodile" (Le Crocodile et l’esturgeon, V, 11),
"Rira bien qui rira le dernier" (Les Deux paysans et le nuage, IV, 19),
"Réveiller le chat qui dort" (Le Chat et les