Né dans une famille de la petite bourgeoisie catholique et d'ancêtres protestants, Gustave Flaubert est le deuxième enfant d’Achille Cléophas Flaubert (1784-1846), chirurgien-chef très occupé à l'Hôtel-Dieu de Rouen, et de son épouse, Anne Justine Caroline Fleuriot (1793-1872), fille d’un médecin de Pont-L'Évêque.
Il naît le 12 décembre 1821 après une sœur et deux frères décédés en bas âge, et sera délaissé en faveur de son frère aîné, brillant élève admiré par la famille (prénommé Achille comme son père à qui il succèdera d'ailleurs comme chirurgien-chef de l'Hôtel-Dieu de Rouen). Gustave Flaubert passe une enfance sans joie, marquée par l'environnement sombre de l'appartement de fonction de son père à l'hôpital de Rouen (aujourd'hui musée Flaubert et d'histoire de la médecine), mais adoucie par sa complicité avec sa sœur cadette, Caroline, née trois ans après lui.
Adolescent aux exaltations romantiques, il est déjà attiré par l'écriture au cours d'une scolarité vécue sans enthousiasme comme interne au Collège royal, puis au lycée de Rouen, à partir de l'année 1832. Il y rencontre Ernest Chevalier avec qui il fonde en 1834 Art et Progrès, un journal manuscrit où il fait paraître son premier texte public. Il est renvoyé en décembre 1839 pour indiscipline et passe seul le baccalauréat en 1840. Le premier événement notable dans sa jeunesse est sa rencontre à Trouville-sur-Mer, durant l'été 1836, d'Élisa Schlésinger qu'il aimera d'une passion durable et sans retour. Il transposera d'ailleurs cette passion muette, avec la charge émotionnelle qu'elle a développée chez lui, dans son roman L'Éducation sentimentale, en particulier dans la page célèbre de « l'apparition » de Madame Arnoux au regard du jeune Frédéric et dans leur dernière rencontre poignante.
Dispensé de service militaire grâce au tirage au sort qui lui est favorable (cela se pratiquait ainsi à l'époque), Flaubert entreprend sans conviction, en 1841, des études de Droit à Paris, ses parents souhaitant