Coetzee naît au Cap dans une famille boer (colons afrikaners). Son père est avocat et sa mère institutrice. L'anglais est sa langue maternelle et il suit d'ailleurs sa scolarité dans une école anglophone. Il ne semble d'abord pas se destiner à un cursus universitaire dans les lettres et étudie les mathématiques à l'université du Cap. En 1960, il part pour l'Angleterre et poursuit à Londres des études de linguistique et d'informatique.

Après avoir travaillé comme programmeur pour IBM, puis pour International Computers, Coetzee nourrit des ambitions littéraires, mais il est tiraillé entre ses besoins financiers et sa passion pour les lettres et l'écriture. L'attribution d'une bourse d'étude lui permet de reprendre des études d'anglais à l'université du Texas à Austin, où il soutient une thèse de doctorat en 1965 sur les romans de Samuel Beckett. Il se voit ensuite proposer un poste à l'université de Buffalo (New York) où il enseigne jusqu'en 1971. L'année suivante, il obtient une chaire de professeur en littérature au département d'anglais de l'université du Cap. Son premier roman, Terres de crépuscule (Dusklands), y est publié en 1974.

Coetzee s'installe en Australie en 2002 pour enseigner à l'université d'Adélaïde. Il est maintenant professeur émérite à l'université de Chicago (Illinois), aux États-Unis.

L'auteur a reçu de nombreux prix littéraires de premier ordre : il fut le premier écrivain et à ce jour le seul avec l'auteur australien Peter Carey, à obtenir deux fois le prestigieux Prix Booker, en 1983 pour Michael K, sa vie, son temps (Life and Times of Michael K) et en 1999 pour Disgrâce (Disgrace). La plus importante des récompenses internationales : le prix Nobel de littérature, vient couronner en 2003 une œuvre « qui, dans de multiples travestissements, expose la complicité déconcertante de l’aliénation. »