Le vivant, à partir du XVIIème siècle, commence à être vu comme une machine : on se passe de toute notion d'âme, de propriétés qualitatives, etc. En somme, la notion de vie elle-même devient inutile. L’idée de mécanisme, et ses avantages (démystification de la nature, puissance dans le domaine médical), est un bon point de départ. Cependant, le modèle mécanique n'est pas sans défaut : la machine est fabriquée par un être intelligent, l'homme, et dans un but. Le vivant ressemble à cela ; de là à en inférer que le vivant obéit à des causes finales et est le fruit d'une intelligence supérieure, il y a un pas délicat. Problématique par excès, ce modèle l'est peut-être aussi par défaut : peut-on rendre compte de la spontanéité, de la capacité d'adaptation et de reproduction propre au vivant, par le modèle statique de la machine ? Ou bien (autre critique), le vivant, dans la complexité de son agencement, n'est-il pas beaucoup plus machine que toute machine possible, et n'est-ce pas la machine qui est une pâle copie du vivant ? Il faut interroger la notion de modèle : on peut considérer qu'il s'agit d'une transposition d'un ordre (le vivant) dans un autre (le mécanique) destiné à mieux comprendre l'ordre de départ en formulant sur lui des hypothèses à partir des propriétés de l'ordre d'arrivée. En clair : la machine a des traits communs avec le vivant, et d'autres caractéristiques (on peut soupçonner que ces caractéristiques sont vraies aussi du vivant, mais cela reste à vérifier, si c'est vérifiable). C'est ainsi qu'il faut distinguer des propriétés de la machine qui ne seront jamais transposables au vivant, sinon à titre opératoire (parce que c'est pratique) : on ne peut pas affirmer que le vivant, comme la machine, obéit à des causes finales, sinon pour faire des hypothèses qui demeurent à vérifier. Il semble que le vivant fonctionne comme une machine, dans laquelle tout sert à quelque chose en vue d'une fin. Mais connaissons-nous chaque cellule d’un être vivant,