Dans une premier temps, il faut identifier le gène et sa fonction
Pour cette première étape, le scientifique tente de trouver une fonction ou aptitude chez des êtres vivants (comme la résistance des poissons vivants dans les mers d’Arctique contre le gel). Ce travail est très dur car on ne trouve que très rarement ce qui nous intéresse et de nombreuses observations doivent être faites pour trouver une fonction utile.
Il faudra ensuite aller chercher la protéine qui a l’effet voulu. Malheureusement pour les scientifiques, il est assez rare qu’une seul protéine soit la cause de la fonction recherchée, le plus souvent une centaine de protéines rentrent en jeu pour pouvoir créer l’effet convoité voir même des milliers, mais supposons que l’on ait trouvé cette (ces) protéine(s).
Maintenant il faut trouver le gène à l’origine de cette spécialité dans l'ADN de l'être qui à cette fonction. On peut comparer ceci à la recherche d’une aiguille dans une botte de foin…
Nous avons quand même plusieurs indications, car la séquence de la protéine permet d'identifier, normalement, le gène qui la synthétise. Cependant, de multiples phénomènes peuvent rendre cette identification relativement compliquée. Comme nous n’avons pas encore répertorié le génome de tous les êtres vivants (mais de plus en plus elles sont cartographiés), nous n’avons pas encore de dossier contenant tous les gènes avec toutes leurs fonctions associées. Mais l’histoire semble se diriger vers cela.
1) L’identification du gène d’intérêt :
La manipulation commence par l'identification du "gène d'intérêt" possédant la caractéristique que l'on veut insérer dans l'organisme. Ce gène peut provenir de tout organisme vivant, animal, bactérie ou plante grâce à l'universalité du code génétique. On doit ensuite isoler ce gène de son organisme d'origine.

Seconde étape : extraire le gène
Nous supposons que le gène est identifié (celui qui permet de résister au gel). Nous avons alors des protéines que l'on