2ème année Bio-informatique
Année scolaire 2013-2014

Valentin SABATET
Maître de stage : M. Harm Nijveen
Superviseur : M. Sanchez Perez

Rapport de stage
Développement d’un outil web permettant la visualisation des profils de conservation en acides aminés des procaryotes extrêmophiles Source personnelle

Université d'Auvergne,
IUT de Clermont-Ferrand,
Campus universitaire d'Aurillac,
Département Génie Biologique

Remerciements

Je remercie tout particulièrement M. Sanchez Perez, mon superviseur et responsable du laboratoire Plant research international, pour m’avoir guidé et conseillé tout au long du stage. Je tiens à remercier M. Nijveen, mon maître de stage, docteur et chercheur en bioinformatique, qui m’a permis de réaliser ce stage au sein de ce laboratoire.
Je remercie également Wei Chen, étudiant de fin de master, qui m’a apporté toutes les informations dont j’avais besoin pour continuer son projet de fin d’étude.
Enfin, je remercie mes collègues : Jetse, Daphne et Max, pour m’avoir permis de travailler dans de bonnes conditions et dans une bonne ambiance.

Résumé

Les procaryotes extrêmophiles sont des organismes vivants en milieux extrêmes (forte ou faible température, pression, pH, …). La façon dont ils peuvent s’adapter à ce genre de conditions et de milieu de vie est toujours floue, et les méthodes actuelles ne permettent pas de le comprendre davantage. Dans cette optique, une nouvelle manière de procéder a été mise en place. Elle utilise la séquence protéique d’un organisme pour calculer la façon dont il a évolué par rapport aux autres extrêmophiles, en se basant sur le changement de chacun de ses acides aminés. Ainsi, leur profil de conservation, qui correspond à l’évolution de leur protéome, peut être défini. Un outil web a été développé pour pouvoir les visualiser. Il dispose d’une série de paramètres variables, qui permet de générer dynamiquement n’importe quel profil de conservation. Par conséquent, il permet émettre des hypothèses quant à la