En l'an 1327, le moine franciscain Guillaume de Baskerville, accompagné d'un jeune novice, Adso de Melk, arrive dans une abbaye bénédictine, quelque part dans une vallée alpine. Il est amené, grâce à son sens logique, à enquêter sur la mort étrange d'un moine.

Guillaume se heurte au silence des Bénédictins et à leur foi intolérante. Malgré tout, l'enquête avance; mais un autre moine meurt, assassiné. De son côté, Adso découvre l'amour avec une jeune paysanne.

Guiliaume de Baskerville est persuadé que le secret de l'énigme réside dans le scriptorium, salle où les moines copient les manuscrits, et les livres cachés dans une tour à l'accès jalousement gardé par le moine Bérenger, torturé par le péché de chair. Bérenger est d'ailleurs, après avoir dérobé un livre, retrouvé mort dans un bassin, un doigt et sa langue sont noirs.

Un nouvel obstacle se dresse devant Guillaume avec la venue de Bernardo Gui, prêtre de l'inquisition. Sur son ordre, la jeune fille, Salvatore, le bossu simple d'esprit et son maître, sont arrêtés et condamnés au bûcher après une parodie de procès.

Guillaume est sur le point de dénouer le mystère après sa visite dans la bibliothèque située dans la tour-labyrinthe. L'objet du " Mal" est ce volume, tant convoité, de la Poétique d'Aristote qui défendait le rire... blasphématoire pour les Bénédictins et le vieux moine Jorge de Burgos, qui était allé jusqu'à empoisonner les pages du livre païen.

Dans la tour en flammes Guillaume et Jorge de Burgos s'affrontent. Guillaume parvient à s'échapper du brasier. Les paysans sauvent la jeune fille et renversent la voiture de l'inquisiteur qui périra atrocement.

Au petit matin, Guillaume et Adso reprennent la route. Adso, apercevant la jeune fille, hésite. Il rejoint cependant Guillaume qui veut faire de lui un homme