À l'occasion d'une lésion, des pathogènes peuvent s'introduire dans l'organisme par l'intermédiaire de la peau ou des muqueuses. Différentes cellules de l'immunité innée présentes dans ces tissus, souvent qualifiées de cellules résidentes, reconnaissent ces pathogènes dès leur entrée dans l'organisme. Il s'agit des cellules dendritiques, des macrophages et des mastocytes.
L'identification des pathogènes par ces cellules se fait au moyen de récepteurs qui reconnaissent des motifs moléculaires caractéristiques des micro-organismes. On parle de PRR1 (Pattern Recognition Receptor) pour désigner ces récepteurs cellulaires capables de reconnaître des motifs moléculaires caractéristiques des pathogènes, motifs appelés PAMP (Pathogen Associated Molecular Patterns).
Les PRRs sont exprimés par toutes les cellules de l'immunité innée. Certains PRRs sont membranaires, d'autres sont cytoplasmiques, ce qui permet un repérage efficace du pathogène.
La reconnaissance d'un PAMP par un PRR peut en particulier :
- déclencher la phagocytose
- déclencher l'activation de la cellule et la mise en place de mécanismes effecteurs.

L'immunité innée a ceci de tout à fait particulier qu'elle est quasi commune à tous les organismes vivants, vertébrés, invertébrés et végétaux. Ainsi, au cours de l'évolution, certaines structures de pathogènes très conservées et reconnues par le système immunitaire ont été sélectionnées. On les nomme motifs moléculaires associés aux pathogènes, ou pamp (de l'anglais Pathogen Associated Molecular Pattern). Ces pamp sont caractéristiques des agents microbiens et n'ont pas d'équivalents dans l'organisme hôte. Ils représentent la « carte d'identité » moléculaire de chaque groupe ou classe de micro-organismes. Ces molécules signalant les pathogènes sont reconnues par des récepteurs exprimés par les cellules de l'immunité, mais également par certaines cellules non spécialisées. Parce que les pamp sont très conservés, il suffit d'un nombre restreint de