systématique et phylogénie du riz
Les riz sauvages et cultivés appartiennent au genre botanique Oryza. La taxonomie de Oryza est : Eukaryota ; Viridiplante ; Embryophyta ; Liliopsida ; Poales ; Poaceae ; Oryza (site 1).
Il existe, dans la famille des Oryzoideae, en plus du genre Oryza onze autres, comme les genres Leersia, Zizania, Porteresia (pour n’en citer que quelques-uns uns).
D’après des études classiques, utilisant des isozymes et des RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), toutes les espèces dans le genre Oryza excepté O.brachyantha (génome FF) ont été groupé dans quatre principaux complexes : Sativa, Officinalis, Ridleyi, Meyeriana (Tateaoka 1962). Les deux premiers complexes sont constitués de 12 espèces diploïdes et 5 tétraploïdes représentant les génomes AA (qui correspond à la définition même de l’espèce, c’est à dire une parfaite affinité à la méiose), BB, CC, BBCC, CCDD, EE., tandis que les complexes Ridleyi et Meyeriana n’ont que 5 espèces avec de nouveaux génomes assignés récemment, GG et HHJJ (Aggarwal et al. 1997). Au cours de mémoire nous aborderons uniquement le groupe Sativa.
Le groupe Sativa comprend deux espèces cultivées, Oryza sativa et Oryza glaberrima, ainsi que des espèces sauvages qui leur sont apparentées. Toutes ses espèces sont diploïdes, de génome AA, avec 2n=24.
Parmi les espèces cultivées du groupe Sativa, qui sont annuelles avec autogamie prépondérante, Oryza sativa L. est de loin l’espèce la plus cultivée. Cette espèce est originaire d’Asie mais est répartie partout dans le monde. Elle présente une grande diversité de formes et le nombre de cultivars traditionnels peut être estimé à plusieurs dizaines de milliers (près de 100 000). Sa classification a débuté en 1930, sur la base des caractères des plantes et de la fertilité de leurs épillets en croisement, avec Kato qui distingua deux groupes indica et japonica. En 1962, Matsuo classe à partir de caractères morphologiques et physiologiques en trois types