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Les Ioniens, vassaux du roi de Perse Darius, prennent la ville en 504. Elle est prise à nouveau par Otane, un des généraux de Darius. Pausanias s’empare de la ville après le siège de Sestos en 478. Une grande chute de poussière noire à Byzance en 472 av. J.-C., peut-être le résultat d’une explosion aérienne à haute altitude, est documentée par Procope, Ammien Marcellin, Théophane, entre autres. Dans la révolte de Samos en 439, Byzance suit le destin de cette ville, qui, révoltée contre les Athéniens, dont elle était tributaire, retombe en leur pouvoir après un siège opiniâtre de neuf mois.
Pendant la guerre du Péloponnèse,