L'antisémitisme devient un code culturel nécessaire à la définition d’une identité allemande problématique faute de mythes nationaux s'ancrant dans les valeurs libérales et modernes comme en France. L'antisémitisme pseudo-scientifique établit des hiérarchies entre les races, idéalise l’aryen et fait du sémite un être affligé des signes visibles de son infériorité. En 1935, sous l'impulsion de Goebbels et de Julius Streicher, des « manifestations spontanées » sont organisées contre les Juifs. Elles aboutissent à la publication des lois de Nuremberg qui privent les juifs de leurs droits civiques et leur interdisent de se marier ou d’avoir des rapports sexuels avec des personnes de « sang allemand ou assimilé ».
La conférence de Wannsee, le 20 janvier 1942, n'a été qu'une réunion de « mise au point » technique. Les Juifs allemands, présents dans les ghettos de Lodz et de Varsovie, sont ensuite envoyés avec les Juifs polonais dans les camps d'extermination de Chelmno, de Treblinka et d'Auschwitz. La plupart des Juifs d'Allemagne sont assassinés lors de la destruction de ces ghettos.
Les déportations systématiques de Juifs d'Allemagne commencent réellement à la fin du mois de septembre 1941. Les Juifs forment des colonnes allant vers les gares d'embarquement sous les yeux des Allemands. Entre octobre et décembre 1941, près de 50 000 Juifs sont déportés dans les ghettos de Lodz, Varsovie, Minsk, Kaunas et Riga.
Une centaine de synagogues sont brûlées et 7 500 magasins sont pillés. 35 000 Juifs sont aussi arrêtés, déportés dans des camps de concentration, Dachau, Buchenwald et Sachsenhausen, et pour la plupart libérés après versement d'une rançon. Après la nuit de cristal, 120 000 Juifs quittent le Reich.
Certains Juifs déportés du Reich allemand dans les ghettos des États baltes et de Biélorussie, sont abattus peu après leur arrivée par les Einsatzgruppen (unités mobiles d'extermination).
Au début de l'année 1943, il ne reste officiellement que 15 000 Juifs en