ippocrate est reconnu comme le premier médecin à avoir rejeté les superstitions et les croyances qui attribuaient la cause des maladies à des forces surnaturelles ou divines. Ainsi, l'auteur de Sur la maladie sacrée entreprend de montrer que l'épilepsie, appelée alors « maladie sacrée », n'est pas « plus divine ou plus sacrée que n'importe quelle autre maladie.»[7] Sa preuve est simple : la maladie ne s'en prend qu'aux « flegmatiques » (voir : théorie des humeurs) or, si la maladie était véritablement une visitation divine, tous devraient pouvoir en être atteints. « Toutes les maladies sont divines et toutes sont humaines », conclut l'auteur[8]. Les disciples de Pythagore ont porté au crédit d’Hippocrate le mérite d’avoir réuni la philosophie et la médecine[9]. Il a séparé la médecine en tant que discipline de la religion en croyant et en faisant valoir que la maladie n'était pas une punition infligée par les dieux, mais plutôt la conséquence de facteurs environnementaux, de l'alimentation et des habitudes de vie. De fait, on ne trouve pas mention d'une seule maladie mystique dans la totalité du corpus hippocratique. Cependant, Hippocrate a travaillé sur la foi de nombreux principes basés sur des conceptions qui sont maintenant reconnues comme étant erronées en anatomie et en physiologie comme la théorie des humeurs[10],[11],[12].

Les écoles de médecine de la Grèce ancienne (l’école de Cnide et celle de Cos) se sont opposées sur la façon de traiter les maladies. L’école de médecine de Cnide avait principalement axé sa pratique sur le diagnostic, mais elle était tributaire de nombreuses hypothèses erronées sur le fonctionnement du corps : la médecine grecque à l'époque d'Hippocrate ignorait pratiquement tout de l'anatomie et de la physiologie humaine en raison du tabou grec qui interdisait la dissection du corps humain. L'école de Cnide, par conséquent, ne parvenait pas à identifier une affection donnée comme étant une seule et unique maladie lorsqu’elle pouvait