La villa Médicis a été bâtie pour le cardinal Giovanni Ricci di Montepulciano autour de 1544 par l'architecte Giovanni Lippi et par son fils l'architecte Annibal Lippi, sur l'emplacement des anciens jardins de Lucullus (jardins situés sur la colline du Pincio mais qui sont détruits maintenant).
La villa Médicis est acquise en 1576 par le cardinal Ferdinand de Médicis.
La villa est enrichit de sept hectares de jardins plantés de pins, de cyprès et de chênes verts, et décorés de sculptures, qui rappellent le palais Spada(le palais Spada est un édifice romain, siège du conseil italien). Ces dernières ont été de nos jours remplacées par des moulages, les originaux ayant rejoint les musées.
Devant l'entrée, une terrasse offre une vue panoramique sur Rome. En 1587, le cardinal Ferdinand de Médicis y fait placer une fontaine.
Les anciens bâtiments de l'Académie de France à Rome ayant été incendiés en 1793, Napoléon Bonaparte décide en 1803, d'installer l’Académie de France à la villa Médicis. À cette époque, la villa et ses jardins sont dans un triste état et devaient être restaurés pour accueillir les lauréats du prix de Rome (concours des académies royales)
La villa Médicis aujourd’hui est destinée à accueillir une vingtaine de jeunes artistes français, qui y habitaient et y travaillaient en communauté.
La villa Médicis se visite entièrement sauf, la chambre turque, située dans une des tours de la Villa Médicis c’est l’un de lieux les plus agréables de l’édifice. Les murs et le sol sont décorés de carreaux de faïence rapportés de Tunisie, tandis que le plafond et les fenêtres sont ornés de motifs géométriques.