En 1642, il rencontre une jeune tragédienne rousse, Madeleine Béjart, qui fait l'orgueil de sa famille, composée de comédiens qui parcourent la Province. Tout en sachant que les comédiens, à cette époque, sont excommuniés par l'Eglise, Jean-Baptiste décide d'épouser la carrière théâtrale. Il signe en juin 1643 un acte d'association avec les Béjart (il est aidé financièrement par son père qui accepte la vocation de son fils), et fonde la troupe de l'Illustre Théâtre, qui regroupe 10 hommes et 5 femmes. Il prend comme nom de scène Molière dont on ignore l'origine.
La troupe veut concurrencer les deux théâtres prépondérants à Paris, l'Hôtel de Bourgogne et le Marais. Gaston d'Orléans, le frère de Louis XIII, devient leur protecteur. Madeleine demande à l'un de ses amis, Tristan l'Hermite, de participer à l'écriture des pièces. Or, rapidement les dettes affluent et Molière est même emprisonné deux fois au Châtelet. C'est son père qui le fera sortir en payant ce qui est dû. Commence alors l'expérience de la Province pour Molière.
La troupe doit en effet quitter Paris et tenter sa chance ailleurs. De 1645 à 1650, les comédiens sont dirigés par Du Fresne, ils se rendent à Agen Toulouse, Carcassonne, Nantes, ils ont pour protecteur le duc d'Epernon, gouverneur de Guyenne et mènent une vie prospère (« la magnificence de leurs habits » en témoigne). Puis le duc quitte la Guyenne et Molière remplace Du Fresne. Il faut se trouver un autre protecteur : c'est le prince de Conti, frère du Grand Condé, laid et débauché, qui remplit cette fonction de 1650 à 1658. Il est le gouverneur du Languedoc, et sa troupe sillonne les routes conduisant à Montpellier, Narbonne, Béziers, Avignon, Grenoble, etc. A cette époque, Molière fait la connaissance de la comédienne et danseuse Thérèse de Gorle, fille peu farouche, qui en épousant Gros-René, un membre de la troupe, devient Marquise Du Parc. Son rôle à la tête de l'Illustre Théâtre lui permet d'acquérir une expérience