Le début se déroule en Bretagne. L’abbé de Kerkabon et sa sœur sont en train de pleurer leur frère et sa femme disparus en mer lorsqu’un Huron arrive avec un bateau anglais sur leur terre. Il se fait vite apprécié des habitants et se fait surnommer l’Ingénu du fait de sa naïveté. Durant un dîner, les Kerkabon s’aperçoivent qu’il s’agit de leur neveu, le fils des deux disparus. Ils décident alors de le convertir à la religion catholique et de le baptiser au plus vite. Il tombe alors amoureux Mlle de Saint Yves et compte l’épouser, mais il se trouve qu’elle est sa marraine et la religion interdit ce mariage. Pour éviter un problème, le prieur des montagnes fait entrer au couvent Mlle de Saint-Yves. Pendant ce temps, l’Ingénu repousse une invasion Anglaise et décide de se faire remettre une récompense en tant qu’héros à Versailles. Pendant son voyage, il rencontre des Huguenots chassés de leur propre pays et décide de les défendre devant le roi. Malheureusement, il se fait emprisonné avant d’avoir pu parler au roi car deux lettres l’accusaient, dont l’une le disait janséniste. En prison il rencontre Gordon, un janséniste, qui lui enseigne la pensée par sois même et le développement d’un esprit critique propre à sois.
En Bretagne, tout le monde s’inquiète. L’abbé et sa sœur décident de se rendre à Paris. Mlle de Saint Yves prend la même décision et part le jour de son mariage avec le fils du bailli. Mlle de Saint Yves se voit contraindre de coucher avec Mgr de Saint-Pouange afin de libérer son amant. L’Ingénu et Gordon sont libérer. Mais ayant commis un adultère et ne pouvant l’avouer à son amant, Mlle de Saint Yves se laisse mourir, laissant l’Ingénu effondré. Celui-ci parvient à se ressaisir et repart pour Versailles avec son ami Gordon afin que le roi répare la disgrâce qu’ils ont