Alignement de séquences

TP BIOINFO Dans ce TP nous voulons étudier une séquence inconnue résultante du séquençage d'un fragment d'ADN génomique humain. Pour cela, nous allons tout d'abord, chercher à prédire les gènes grâce à deux logiciels différents afin d'étudier la structure du gène. Puis, nous allons faire un alignement de séquence afin de voir si la protéine est connue. (….........................) I- Prédiction des gènes Dans cette partie, nous allons chercher à caractériser la structure exon-intron du

personnelle Université d'Auvergne, IUT de Clermont-Ferrand, Campus universitaire d'Aurillac, Département Génie Biologique SEQ1 SEQ2 SEQ3 SEQ4 SEQ5 SEQ6 SEQ7 SEQ8 SEQ9 SEQ10 SEQ11 SEQ12 SEQ13 SEQ14 SEQ15 SEQ16 SEQ17 SEQ18 Figure 1 : Analyse d’un alignement de séquences protéiques. (Source personnelle) Figure 2 : Présentation des différentes étapes de traitement du pipeline. (Wei Chen, minor thesis, 2014) a. b. Figure 3 : a. fichier sortie comprenant les sites protéiques et leur classement par catégorie

Alignement de 2 séquences Programmation dynamique Licence Biologie – L3 BioCell (2010-2011): Analyse in silico de séquences – Emmanuel Talla, Aix Marseille Homologie Licence Biologie – L3 BioCell (2010-2011): Analyse in silico de séquences – Emmanuel Talla, Aix Marseille Homologie Gène ancestral Gène A homologue Gène B Spéciation Gène C Gène D Gène E Duplication Gène F orthologues paralogues CSR - Réunion du 18 juin 2001 / example.ppt 3 2 séquences sont

BLAST et la Recherche dans les bases de donnée SOMMAIRE 1. Recherches par similitudes 2 1.1. LES ALIGNEMENTS DE SEQUENCES. NOTIONS GENERALES. 2 1.1.1. QUANTIFICATION DE LA SIMILITUDE. 3 1.1.2. MATRICES DE SUBSTITUTION. 3 1.1.3. FILTRES. 4 1.1.4. CONCLUSION. 4 1.2. UTILISATION DE BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL) 4 1.2.1. ALGORITHME 4 1.2.2. LES « PARFUMS» DE BLAST. 5 1.2.3. LES OPTIONS DE BLAST 6 1.2.4. CONCLUSIONS 7 1.3. PROBLEMES ET

Recherches par similitudes Quand on a cloné et séquencé un ou plusieurs gènes/cDNA, la première étape est souvent une recherche dans les bases de données publiques pour savoir : • Si les séquences sont déjà connues (mutations évenutelles). • Si des séquences proches existent • Quelles sont les informations déjà connues sur ces séquences similaires On voudra également : • Trouver toutes les séquences d'une même famille • Rechercher toutes les séquences qui contiennent un motif donné Pour cela on

SEQUENCE 1 : ALIGNEMENT STRATEGIQUE – SERVICES CENTRAUX Dans cette première séquence de jeu, 6 projets nationaux vous sont présentés en détail (études d'opportunité). Le travail qui vous est demandé en tant qu'acteur clé des Services Centraux d'ENERGI, consiste à évaluer la pertinence de chacun d'eux par rapport à l'environnement de l'entreprise et sa ligne stratégique. Ce travail d'analyse doit se faire en groupe et doit aboutir à la sélection de 4 projets sur 6. Tenant compte du temps imparti

tradicional se dedicaba al estudio individual de los genes. Pero ha sufrido una evolución: Génomique traditionnelle : séquençage des génomes complets. Conlleva recolectar información y almacenarla. Post-génomique : on a plein de données (génomes séquencés parmi d'autres) à analyser. Comprende : Génomique fonctionnelle Génomique structurale et dynamique Métabolomique Métagénomique Génomique comparative … La unión de las dos genómicas permite, por una parte, conocer las secuencias de los genomas (gracias

- CONVERSION AVEC ANAGENE Version 2 Les icônes de la barre d’outils Numérotation des éléments d’une séquence Echelle de repérage des nucléotides Echelle de repérage des acides aminés 1. Banque de séquences 2. Thèmes d'étude 3. Programmes et documents 4. Voir le classeur 5. Enregistrer 6. Imprimer 7. Couper 8. Copier 9. Coller 10. Effacer 11. Convertir les séquences 12. Comparer les séquences 13. Action enzymatique 14. Graphique de ressemblance 15. Information sur ligne pointée 16. Code génétique

logiciel : Comparaison avec alignement des séquences d'ADN : cliquer sur traitement en sélectionnant toute les séquences et en mettant Beta en référence Beta Séquence d'ADN de référence longueur : 444 bases geneAlpha1.adn Séquence d'ADN longueur : 429 bases -> 291 bases différentes de la séquence de référence geneBeta.adn, geneDelta.adn Séquence d'ADN longueur : 444 bases -> 33 bases différentes de la séquence de référence geneBeta.adn, geneGammaA.adn Séquence d'ADN longueur : 444

notamment ses domaines ; une identification des paralogues et des orthologues ; une datation l’apparition de ces paralogues. Pour cela plusieurs outils ont été utilisés :        II. la banque de donnée UNIPROT pour récupérés les séquences utilisées ; les banques de données PROSITE et PFAM pour l’identification de domaines potentiels ; l’outil blastp du NCBI pour la recherche d’homologues ; CLUSTAL W pour l’alignement multiple ; le navigateur taxonomie du NCBI pour la construction