Analyse fonctionnelle d’une famille de protéine : la sous-unité alpha du facteur de fragmentation de l’ADN
I.

Introduction

La sous-unité alpha du facteur de fragmentation de l'ADN (DFFA ou DFF45) est un monomère, de la protéine hétérodimèrique facteur de fragmentation d'ADN (DFF), codé par le gène dffa chez l'homme. Elle est aussi appelée inhibiteur de la caspase-activated DNase (ICAD) de part sa fonction. Le DDFA est impliquée dans le phénomène d'apoptose cellulaire (autrement dit mort cellulaire) qui consiste à éliminer les cellules toxique et/ou inutile et/ou vieillissante d'un organisme eucaryote pluricellulaire tel que les mammifères. En effet, la caspase-3, une enzyme particulière de l’apoptose, a pour substrat le DFFA. Sous l’action de cette caspase, le DFFA est hydrolysée et clivée du DFF. Du coup, celui-ci n’est plus que constitué essentiellement du DFFB (DFF40) qui est le composant actif du DFF car, séparé du DFFA, il déclenche la fragmentation de l’ADN et la condensation de la chromatine (étapes clés de l’apoptose). Le DFFA a donc un rôle essentiel dans la cellule de part sa fonction d’inhibiteur de l’apoptose.

Figure 1 : Déclenchement de la fragmentation de l'ADN

Ainsi, pour mieux comprendre son fonctionnement, nous réaliserons, par traitement bioinformatique, a une analyse fonctionnelle de cette protéine autrement dit :
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une détermination précise de ses éléments fonctionnels avec notamment ses domaines ; une identification des paralogues et des orthologues ; une datation l’apparition de ces paralogues.

Pour cela plusieurs outils ont été utilisés :
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II.

la banque de donnée UNIPROT pour récupérés les séquences utilisées ; les banques de données PROSITE et PFAM pour l’identification de domaines potentiels ; l’outil blastp du NCBI pour la recherche d’homologues ;
CLUSTAL W pour l’alignement multiple ; le navigateur taxonomie du NCBI pour la construction de l’arbre des espèces et le