Il est le petit-fils de l'hélléniste homonyme, et le quatrième enfant d'une famille nombreuse, né à Madagascar, ayant vécu à Chambon-sur-Lignon. Au lendemain de Mai 68[Quand ?], il fait la route vers Katmandou et, au retour, travaille en usine et exerce différents métiers de façon militante ou dilettante avant de monter à Paris.
En 1976, il commence à travailler pour le quotidien Libération. D'abord au service des sports qu'il contribue à créer en compagnie, notamment, de Jean-François Fogel, Serge Daney, Jean-Pierre Delacroix ou Homéric. Puis il devient grand reporter en France et à l'étranger, et enfin et surtout correspondant de guerre. Pendant vingt-cinq ans, il traverse ainsi de nombreuses guerres, dont celles du Moyen-Orient, d'Afrique et de l'ancienne Yougoslavie, dont il tire un récit L'Air de la guerre, rédigé en grande partie après avoir été immobilisé à Sarajevo en juin 1992, puis deux romans La Guerre au bord du fleuve et La Ligne de flottaison autour des thèmes de la guerre et de l'écriture de la guerre.
Reporter au Rwanda à l'époque du génocide, saisi par l'échec collectif des journalistes face à l'évènement, il suspend son activité dans sa rédaction quatre années plus tard pour séjourner près de marais et travailler avec des rescapés Tutsi originaires de Nyamata, un village de la région du Bugesera. Le premier livre issu de ces récits, Dans le nu de la vie, obtient le prix France Culture en 2001. Il poursuit son travail avec un groupe de Hutu ayant participé au génocide sur les mêmes collines, dans le pénitencier de Rilima. De ces entretiens naîtra en 2003 Une Saison de machettes, qui recevra le prix Femina Essai la même année. Puis il publie un roman dont l'un des personnages principaux est un correspondant de guerre, de retour à Paris. Un troisième ouvrage consacré au génocide rwandais, La Stratégie des antilopes paraît en août 2007 (prix medicis). Jean Hatzfeld y raconte les traces du temps, la vie après le génocide des protagonistes de ses