Complexe enzyme-substrat

Pages: 3 (709 mots) Publié le: 12 janvier 2011
COMPLEXE ENZYME – SUBSTRAT
D'après Jacques Barrère, Lycée Paul-Louis Courier, Tours

On sait que :
• Les enzymes sont des catalyseurs d'une très grande efficacité.
• Au cours d’uneréaction enzymatique, le substrat se transforme progressivement (phénomène progressif nécessitant 3 à 5 minutes) en présence de l’enzyme qui reste inchangée.
• Il y a spécificité entre enzyme etsubstrat. Il y a spécificité de la réaction catalysée par une enzyme donnée.
• Plus il y a de substrat disponible, plus la réaction est longue, mais plus la vitesse initiale est élevée. Au-delà d'unecertaine concentration de substrat, la vitesse initiale n'augmente pas avec la concentration en substrat.
On cherche à :
• Comprendre comment l'enzyme agit sur son substrat.
• Expliquer lacinétique enzymatique
On pense qu'il y a interaction précise, au niveau moléculaire, entre enzyme et substrat.

Protocole d'observation :

On propose de travailler sur la carboxypeptidase, enzymedigestive responsable de l'hydrolyse de la liaison peptidique en position C-terminale. Pour cela, on dispose du résultat de deux observations en diffraction aux rayons X, d'une part de l'enzyme seule,d'autre part de l'enzyme en présence de son substrat, un dipeptide glycine-tyrosine.

NB : afin d'éviter que l'enzyme ne transforme trop vite le substrat qui lui est présenté, ce dernier est ajoutépar diffusion au cristal réalisé à partir d'une solution sursaturée d'enzyme.

Rédigez un compte rendu informatique en intégrant (dans des tableaux) des images issues de Rastop.

1. A partir del'observation de l'enzyme seule et/ou de l'enzyme mise en présence de son substrat, validez l'hypothèse formulée ci-dessus.

Fichiers à utiliser :
• CPA.PDB : enzyme seule
• CPA-SUB.PDB :enzyme et substrat
Conseils :
Utilisez la fonction permettant de colorer spécifiquement les chaînes de la molécule.

2. Montrez que le substrat vient se loger dans une "cavité" déjà présente...
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