La Généalogie de la morale pose la question des origines et de la valeur des valeurs issues du judéo-christianisme qui sont au fondement de la morale occidentale contemporaine[4]. Selon Nietzsche, ces valeurs sont essentiellement altruistes : la pitié et la négation de soi (le refoulement des instincts et leur culpabilisation) sont estimées intrinsèquement bonnes et sont donc des critères pour juger de l'accord des sentiments et des actions humaines au bien. Ces valeurs reposent ultimement sur l'idée d'un monde plus élevé, absolu, qui diffère radicalement du monde naturel et par rapport auquel ce dernier est dévalorisé[5] : le monde naturel est en effet celui des instincts et du corps, tandis que le monde des phénomènes moraux est censé le transcender.

Les trois dissertations qui constituent la Généalogie de la morale traitent de plusieurs phénomènes moraux (la conscience morale, la promesse, etc.), établissent leurs origines et aboutissent à la formulation d'un diagnostic au sujet de la morale ; ce diagnostic prépare la voie à une réévaluation de ces valeurs jusqu'ici tenues pour les plus hautes. Les matières principales traitées dans ces trois études sont la nature de la morale contemporaine, la psychologie et l'histoire qui ont engendré les valeurs de cette dernière, leurs conséquences néfastes pour la santé, la signification de la douleur, et un appel à la création de nouvelles valeurs affirmant la vie[3].

Deux questions traversent l'ensemble du livre[6] : comment en est-on venu, non seulement à croire en de telles valeurs, mais également à faire de la négation de soi la substance même de la vie affective et la norme inconditionnelle des sentiments et des actions moraux ? C'est la question de l'origine. Ces croyances sont-elles bénéfiques à l'homme, sont-elles favorables ou nuisibles à sa santé ? C'est le problème de la valeur de ces valeurs.

« […] nous avons besoin d’une critique des valeurs morales, et la valeur de ces valeurs doit tout d’abord