Dans les conceptions religieuses et mystiques, la pensée humaine correspond à une substance qui ne peut pas être dissociée de la matière, ni de la Création et de son créateur (Dieu). Les êtres humains et la nature forment un tout, la Création. Dieu agit à travers la pensée de l'Esprit :
« [...] l’Esprit nous aide dans notre faiblesse, car nous ne savons pas ce qu’il nous convient de demander dans nos prières. Mais l’Esprit lui-même intercède par des soupirs inexprimables ; et celui qui sonde les cœurs connaît quelle est la pensée de l’Esprit [...]1. »

Lorsque Descartes sépare deux substances, l'une qui est la substance intelligente (pensante : je pense donc je suis), l'autre étant la substance corporelle (la matière), il dissocie en réalité des éléments liés.

Cela entraîne un ensemble de distorsions par rapport aux concepts philosophiques de la tradition chrétienne par exemple, notamment la cause première, la relation entre deux sujets, la cause finale (et l'éthique associée), le principe de causalité, la substance, et l'être.

À une relation de sujet à objet, on doit préférer une relation de sujet à sujet.
Voir : Cogito ergo sum et concepts philosophiques

Les êtres humains sont reliés entre eux : dans le christianisme, les fidèles de l'Église appartiennent à un même Corps mystique qui est celui du Christ (encyclique Mystici Corporis Christi de Pie XII, 1943).

Entre le corps et l'esprit, les substances ont une unité, de même que les êtres humains forment entre eux et avec la nature un tout, la Création (ou une cosmogonie dans les traditions spirituelles).

Dans l'encyclique Mystici Corporis Christi (1943), Pie XII cite Saint Paul :
« Bien qu'étant plusieurs, nous ne faisons qu'un seul corps dans le Christ 2. »

puis il indique que Dieu sonde les pensées des puissants :
« Il faut demander à Dieu que tous ceux qui commandent aux peuples aiment la sagesse3, de telle façon que ce grave verdict du Saint-Esprit ne les atteigne jamais : Le Très-Haut