Sa naissance illégitime n’empêcha pas ses parents de s’occuper de lui avec soin jusqu’à leur mort, en 1483. Ils lui donnèrent la meilleure éducation de l’époque dans des écoles monastiques ou semi-monastiques. À l’âge de vingt-quatre ans, il fut admis à la prêtrise et prononça ses vœux monastiques, mais il ne semble pas qu’il ait exercé une activité de prêtre ; toute sa vie, le monachisme a été la cible principale de ses attaques lorsqu’il s’en est pris aux maux de l’Église.
Il continua ses études au collège de Montaigu de l’université de Paris, qui était alors le centre principal des études scolastiques, mais subissait déjà l’influence de la Renaissance italienne : par exemple, Fauste Andrelin y enseigna les belles-lettres. Érasme devint très ami de Fauste Andrelin.
Comme étudiant, Érasme choisit de mener une vie indépendante, sans se sentir lié par une nationalité, des liens académiques, des coteries religieuses ou ce qui aurait pu entraver sa liberté de pensée et d’expression littéraire. La langue latine, qui était alors d’un usage universel en Europe, lui permettait de se sentir partout chez lui. Il exerça surtout son activité à Paris, à Louvain, en Angleterre et à Bâle. Son séjour en Angleterre lui permit de nouer des amitiés durables avec les principaux maîtres de la pensée anglaise à cette époque agitée du règne d’Henri VIII : John Colet, Thomas More, Thomas Linacre et William Grocyn ; il séjourna au Queens’ College de Cambridge, où il est même possible qu’il ait été