Les Hérétiques :
On qualifie d'hérétiques ceux qui s'opposent aux enseignements et conceptions chrétiennes admis par les hiérarchies ecclésiastiques (Christianisme). Les hérétiques (all. Ketzer, terme qui vient sans doute du grec katharos = pur, appliqué à la secte cathare) furent persécutés au Moyen Age, mais aussi à l'époque moderne. La déviance religieuse était assimilée à une déviance politique et sociale. Cependant, les définitions de l'hérésie (du grec hairesis, qui signifie opinion particulière) ont varié suivant les temps et les lieux. Certaines conceptions jugées d'abord hérétiques, comme l'héliocentrisme, furent ensuite admises.
La principale hérésie de l'Antiquité tardive et du haut Moyen Age fut l'arianisme; propagé dans la future Suisse romande par les Burgondes, il disparut après la conversion au catholicisme de leur roi Sigismond (505). Parmi les nombreux prédicateurs hétérodoxes plus ou moins itinérants qu'a connus le Moyen Age classique, on trouve à Lausanne Henri dit de Lausanne avant 1116 et à Zurich Arnaud de Brescia en 1140. La Suisse ne fut en revanche guère touchée par la plus importante hérésie médiévale, le dualisme cathare répandu au sud de la France (albigeois) et au nord de l'Italie (patarins).
Les hérésies du XIVe s. eurent plus de succès, notamment celle du libre esprit, dont furent soupçonnés les béguines et bégards. Ceux-ci étaient très répandus en Suisse alémanique, où apparurent en outre vers 1350 des flagellants. A la fin du XIVe s., on découvrit à Fribourg des vaudois; on fit en 1430 un procès pour les éradiquer, car on craignait qu'ils ne s'associent aux hussites dont le mouvement s'était étendu rapidement, dans les années 1420, hors de Bohême. A Fribourg, la persécution des vaudois dans les années 1430 fut presque immédiatement suivie de celle des sorciers et sorcières; c'est en Suisse romande et dans le Dauphiné qu'eurent lieu les premiers procès médiévaux pour sorcellerie.

Les cathares :
Le catharisme, bien qu’il