METABOLOMIQUE : PLUS COMPLIQUEE QU’UNE SIMPLE ANALYSE BIOCHIMIQUE

1 Production des échantillons.

Il faut refaire au moins 3 fois une expérience pour la valider.
Les conditions de cultures doivent être notées, enregistrées ce sont les métadonnées. Le cahier de laboratoire est une pièce centrale dans laquelle il est important de tout noté.

2 Extraction des métabolites.

Le principe central est le blocage des échantillons que l’on a par congélation. Ensuite il existe de très nombreuses techniques d’extraction possible sachant que chacune possède ses biais. On évite le méthanol car très dangereux.

3 Analyses biochimiques.

4 Traitement et stockage des données.

5 Exploitation et visualisation.

6 Intégration des données avec les autres données « omiques ».

Toutes ces étapes sont liées les une aux autres par des bases de données pour échanger et s’y retrouver.

LA SPECTROMETRIE IR

Elle ne détermine pas l’identité d’une molécule mais va donner la présence de fonctions chimiques (acide…).

L’IR a un domaine de 2µm à 15µm.
Elle sert beaucoup à suivre la qualité dans les processus industriel, on définit une qualité que l’on caractérise par un spectre type et on compare avec les produits issus de notre production. Outil de contrôle.
Peu utilisé en métabolomique car peu adapté puisqu’on n’a pas de spectre de référence en recherche. En revanche très utile dans le vin.

RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE

La RMN est une méthode spectroscopique récente (1950-1960) dont le développement et les performances s’accroissent de façon spectaculaire.
La RMN (façon spectroscopique) est aujourd’hui dans le domaine, de la chimie, de la biologie…
En médical on utilise beaucoup l’IRM.
On a donc deux façons : l’imagerie et la spectroscopie.

La spectroscopie IR donne des renseignements sur les groupes fonctionnels d’une molécule organique.
La RMN donne une image précise des atomes qui composent les molécules organiques du vivant.
La RMN est basée sur