L’INDUSTRIE DES SÉQUENCEURS D’HIER ET D’AUJOURD’HUI

La recherche a connu depuis quelques années une grande révolution en conséquence des progrès technologiques de la biologie moléculaire appliquée au séquençage des génomes. En effet, connaître l’enchaînement complet des bases nucléotidiques qui constituent un génome, c’est connaître toute l’information nécessaire à la vie (du moins en théorie). Ce n’est que récemment, avec la mise en place des Programmes Génome, que de nombreux génomes, dont celui de l’être humain, sont aujourd’hui séquencés, et que d’autres génomes sont en voie de l’être dans des délais de plus en plus raccourcis. Ces réalisations spectaculaires, sont rendues possibles grâce aux développements extraordinaires des techniques de séquençage.
Dans cette première partie, nous parlerons des techniques traditionnelles de séquençage (Sanger, Maxam et pyroséquencage ). Nous discuterons des avantages et inconvénients de chaque approche avant d’exposer la nouvelle génération de séquenceurs.

1 LA PREMIERE GENERATION DE SEQUENCEURS

Le séquençage de l’ADN a été inventé dans la deuxième moitié des années 1970. Deux méthodes ont été développées indépendamment, l’une par l’équipe de Walter Gilbert, (Maxam and Gilbert 1977) aux États-Unis, et l’autre par celle de Frederick Sanger (Sanger, Nicklen et al. 1977) en Grande-Bretagne. Ces deux méthodes sont fondées sur des principes diamétralement opposés : l’approche de Sanger est une méthode par synthèse enzymatique sélective, tandis que celle de Maxam et Gilbert est une méthode par dégradation chimique sélective. Pour cette découverte, Gilbert et Sanger ont été récompensés par le prix Nobel de chimie en 1980 (Kolata 1980).
La méthode de séquençage de Maxam et Gilbert utilise directement l’ADN double brin telle qu’il est naturellement et ne nécessite donc pas de clonage dans un vecteur pour produire de l’ADN simple brin comme c’est le cas avec la méthode de Sanger. Ceci est un avantage car çela permet de