En cette année 1866, une forte angoisse règne sur les océans. Un monstre marin effrayant a été signalé dans diverses mers par plusieurs navires. Une expédition s'organise à bord de la frégate américaine Abraham Lincoln. Elle a notamment à son bord le capitaine Faragutt, le canadien Ned Land, le fameux naturaliste français Aronnax du Muséum de Paris et son fidèle domestique Conseil. Le but de cette expédition est de débarrasser les mers de cette abominable menace.

Pendant plusieurs mois, les recherches sont vaines et le découragement s’empare de l’équipage. Jusqu’à ce 5 novembre1867. Ce jour là, Ned Land aperçoit le monstre, un « narval gigantesque ». Il se déplace à une telle vitesse que la frégate a beaucoup de mal à le suivre. Lorsque enfin elle réussit à l’approcher pour le harponner, l’animal aborde violemment le vaisseau.

Celui-ci se trouve presque entièrement submergé par une vague monumentale. Aronnax, Conseil et le harponneur Ned Land sont précipités à la mer sous le choc. Ils parviennent à se réfugier sur le dos du monstre. Ils réalisent alors que ce qu’ils avaient pris pour un monstre n’est autre qu’un navire sous-marin, le Nautilus. Les trois naufragés sont faits prisonniers et se retrouvent à bord du Nautilus. Ils font alors connaissance de ce mystérieux équipage et de son capitaine, Nemo, un personnage à l’attitude très énigmatique. Ils découvrent très vite que le capitaine Nemo, qui a conçu les plans du Nautilus, goûte très peu la fréquentation des humains. Il se refuse à leur rendre la liberté. Les trois naufragés séjourneront près de huit mois dans le Nautilus.

Le capitaine Nemo finit par éprouver de l’estime pour le savant français. Il fait découvrir à ses hôtes les trésors de la bibliothèque et du musée du Nautilus et décide d’entreprendre un tour du monde des profondeurs océaniques. En compagnie de cet énigmatique capitaine, nos trois héros découvrent la mystérieuse Atlantide et ses trésors engloutis, empruntent un tunnel creusé par