Il n’en reste pas moins que les "sciences de l’esprit" ont malgré tout favorisé la thèse d’une séparation radicale entre matière et esprit. Se distinguant des "sciences de la nature", elles privilégient par exemple une "psychologie de la conscience" ou une "psychologie du sujet" qui sous-entendent bien que leur domaine d’étude dispose d’une véritable autonomie. C’est ainsi que Dilthey affirme qu’il convient de substituer, là où l’esprit est en jeu, la compréhension (aujourd’hui l’interprétation) à l’explication par les lois de la nature, qui ne serait opératoire que dans les sciences de la nature.

Néanmoins, certains logiciens ou épistémologues du XXe siècle affirment qu’il n’y a guère de différence significative entre ce qu’étudient les sciences "de la nature" et les sciences "de l’esprit". Bertrand Russell considère ainsi que, de même que la matière a perdu sa matérialité dans la physique moderne, il serait temps de reconnaître que de son côté "l’esprit a perdu sa spiritualité" : rien ne prouve l’existence d’une différence fondamentale entre ce qui constitue le monde physique et ce qui constitue le monde psychologique. Dès lors, nous pouvons être à peu près sûrs "que ni l’“âme” ni le“corps” n’ont de place dans la science moderne".

Les avancées, depuis une trentaine d’années, des neurosciences, paraissent raviver le point de vue de La Mettrie : il s’agit d’étudier le lien "entre une organisation anatomique de neurones et de connexions" (J.-P.Changeux) et le comportement, entendu comme ensemble d’apprentissages, de réactions affectives et de réponses intellectuelles – en somme de montrer que la pensée est une "fonction" du cerveau et des processus biochimiques dont il est le siège. Les sciences dites "cognitives" considèrent ainsi que le terme "esprit" fait seulement "référence à de quelconques forces occultes ou à quelque mystère des origines" (Changeux).

S’il est incontestable que les neurosciences découvrent nombre de ces relations causales, une