La tomate est originaire des régions andines côtières du Nord-Ouest de l'Amérique du Sud (Colombie, Équateur, Pérou, Nord du Chili). C'est en effet seulement dans ces régions qu'on a retrouvé des plantes spontanées de diverses espèces de l'ancien genre Lycopersicon, notamment Solanum lycopersicum cerasiforme, la tomate cerise. Cette dernière est actuellement répandue dans toutes les régions tropicales du globe mais il s'agit d'introductions récentes.

La première domestication de la tomate à gros fruits est vraisemblablement intervenue dans le Mexique actuel, où l'ont trouvée les conquérants espagnols lors de la conquête de Tenochtitlán (Mexico) par Hernán Cortés en 1519.

Cette domestication s'est probablement produite après celle de la Tomatille (Physalis philadelphica)34, qui était plus appréciée que la tomate à l'époque préhispanique, mais sa culture s'est marginalisée par la suite35. L'hypothèse d'une domestication parallèle au Pérou ne peut toutefois être définitivement écartée36.

On ne sait pas comment la tomate a migré du Pérou au Mexique, peut-être par le truchement d'oiseaux migrateurs.

Bernardino de Sahagún dans son Histoire générale des choses de la Nouvelle-Espagne rapporte que les Aztèques préparaient une sauce associant les tomates avec du piment et des graines de cou mmença par la Provence. En 1600, Olivier de Serres, un des premiers agronomes français, qui cultivait son domaine du Pradel dans l'Ardèche, classe la tomate parmi les plantes d'ornement. Voici ce qu'il écrivait dans Le théâtre d'agriculture et mesnage des champs :

« Les pommes d'amour, de merveille, et dorées, demandent commun terroir et traictement, comme aussi communément, servent-elles à couvrir cabinets et tonnelles, grimpans gaiement par dessus, s'agrafans fermement aux appuis. La diversité de leur feuillage, rend le lieu auquel l'on les assemble, fort plaisant : et de bonne grace, les gentils fruicts que ces plantes produisent, pendans parmi leur rameure... Leurs