M. Homais, le pharmacien, représente tous les bourgeois imbéciles qui veulent acquérir de pouvoir par n'importe quel moyen. C'est-á-dire, les individus qui aiment être au centre du monde, qui veulent paraitre intelligent et qui rejette la religion en privilégiant la science.
La présentation de de ce personnage, qui prendra de plus en plus d’importance dans le roman, n’apparaît que dans la 2e partie, est assez intéressante. Flaubert pique notre curiosité en décrivant tout d’abord sa boutique, qui est déjà fort révélatrice du caractère d’Homais. Il montre l’orgueil incroyable du pharmacien qui a fait peindre partout son nom en lettres d’or, son désordre perceptible et ridicule dans l’accumulation des produits, son goût du commerce plus que de la santé des autres visible dans la mise en vente de spécialités qui relèvent plutôt de l’épicerie. Homais incarne aussi la fierté bourgeoise et la haute opinion qu’elle a d’elle même, avec son bonnet grec et son visage "quelque peu marqué de petite vérole" qui "n’exprimait rien que la satisfaction de soi-même". Il est fier d’être "membre de plusieurs sociétés savantes", en fait il fait seulement partie de "la Société agronomique de Rouen... section d’agriculture, classe de pomologie". Il va jusqu’à nommé le pharmacien d’Yonville nous apparaît d’abord comme un sot prétentieux et pédant. Fier, ce petit bourgeois vaniteux impressionne le canton où il est considéré comme un intellectuel : d’abord il exerce le métier d’apothicaire dans la surprenante officine dont nous avons parlé plus haut et qu’il a pompeusement baptisée "laboratoire" ; il a publié à ses frais plusieurs opuscules scientifiques (en fait là encore un seul sur la fabrication du cidre) qu’il considère "d’utilité publique" ; enfin il travaille comme correspondant du Fanal de Rouen. Dans le milieu un peu rustre d’Yonville, Homais en impose par son discours ferme et assuré de scientiste convaincu constamment émaillé de termes techniques destinés à impressionner : le