1. la charge native de la molécule. Plus la charge est importante, plus la vitesse de migration sera importante. Signalons que cette charge native peut varier en fonction du pH, qui est le plus souvent fixé par l'expérimentateur au moyen de l'utilisation d'une solution tampon. Signalons également que selon le signe de la charge native, les molécules pourront migrer vers l'anode (molécules chargées négativement) ou vers la cathode (molécules chargées positivement) et que pour les protéines il convient donc de faire le dépôt à mi-chemin des deux électrodes, sauf à vouloir séparer une protéine dont on connait la charge. Enfin, toutes les molécules non chargées ne seront pas séparées puisqu'elles ne migreront pas du tout. Cette question ne se pose pas pour les acides nucléiques (ADN et ARN) les acides phosphoriques qu'ils contiennent leur donnant une charge toujours négative. 2. la masse moléculaire. Plus la masse moléculaire est importante, plus la vitesse de migration de la molécule sera faible. Rappelons que le choix du support est essentiel. En effet, un support mal choisi peut entrainer une absence de migration (molécule trop grosse pour le maillage du support) ou au contraire une mauvaise, voir pas de séparation (molécule trop petite pour le maillage du support). 3. la structure tridimensionnelle. En effet, à masse moléculaire égale, une molécule pourra selon sa forme être plus ou moins ralentie dans sa progression par le support. Par exemple, une molécule de structure globulaire sera moins ralentie qu'une molécule de structure fibreuse. On citera comme meilleur exemple la séparation de molécules d'ADN circulaires identiques (donc de même masse moléculaire) mais présentant un état de superenroulement différents (ce qui influence l'état de compaction de