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  • Publié le : 5 avril 2011
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 Le laboratoire d’accueil

Créé le 1er janvier 2004, le Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E), est une Unité Mixte de Recherche (UMR6197) formé par l’association d’effectifs du CNRS, Ifremer et UBO. Implanté face au goulet de Brest sur le site exceptionnel du technopole Brest-Iroise. Ce laboratoire a des missions de recherche, d’enseignement et de valorisation.

LeLM2E conduit notamment, les programmes de recherche en microbiologie des environnements extrêmes, principalement océaniques. Il participe activement aux travaux visant à comprendre comment les microorganismes de ces milieux contribuent au fonctionnement de ces écosystèmes originaux et peuvent assurer l’intégrité de leur matériel génétique.
Pour des raisons historiques, les actions de rechercheen microbiologie sont réparties sur les deux sites d'implantations: Institut Européen de la Mer (IUEM) et Centre Ifremer de Brest.

C’est dans le cadre de ma formation de Master1Microbiologie fondamentale et appliquée, que j’ai effectué un stage de 8 semaines au sein de la composante de LM2E qui est rattachée à l'IUEM.

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Fig0. Institut Européen de la Mer

Introduction

Le risque depollution des environnements marins par les hydrocarbures représente aujourd’hui une menace importante. Chaque année des millions de tonnes d'hydrocarbures entre dans l'environnement marin, provenant principalement des sources anthropologiques, mais aussi des sources naturelles comme les plantes, les algues et les bactéries (Efain Manilla-Perez et al. ,2010). La présence des hydrocarbures enmilieu marin découle de l'exploitation des gisements du pétrole qui ne cesse d'augmenter depuis le début du dernier siècle; et de sources naturelles synthétisé par divers organismes ou des suintements de pétrole naturel.

Ces composés ont une forte teneur en carbone et en énergie et donc représentent des substrats pour les micro-organismes utiles dans les habitats marins où les sources d'énergieet de carbone peuvent être très rares. Les micro-organismes survivent presque partout dans l'océan et jouent un rôle important dans la décomposition de la matière organique et le cycle de nutriments dans le milieu marin.
Les procaryotes hétérotrophes sont considérés comme les principaux consommateurs et minéralisateurs de cette matière organique dissoute (Williams& Gray1970).
A côté deshydrocarbures, leurs dérivés oxydés et les composés qui contiennent des fragments alkyl à longue chaîne, les bactéries hydrocarbonoclastes ne peuvent utiliser un petit nombre d'acides organiques ou le métabolisme central des intermédiaires tels que l'acétate, le lactate ou de pyruvate (Yakinomov et al.,2002).

La dégradation aérobie des hydrocarbures par les microorganismes a été largement étudiée etles bactéries marines dégradant le pétrole ont été isolées à partir différents sites dans le monde entier. Les bactéries hydrocarbonoclastes ont été reconnues comme des acteurs clés dans l'élimination biologique des hydrocarbures pétroliers des milieux marins pollués (Head et al. 2006). Cette biodégradation a été mise en evidence pour la première fois par Schwarz et ses collègues ; les germesconcernés étaient Pseudomonas, Aeromonas et Vibrio ssp (Schwarz et al., 1974). Plus récemment, les bactéries dégradant les hydrocarbures contenant le consortium des membres actifs de genres Alcanivorax, Altéromonas, Bacillus, Cycloclasticus, Flavobacterium, Marinobacter, Pseudomonas et Rhodococcus ont été obtenues à partir des différents sédiments de mer profonde(Aono et Inoue,1998 ; Cui et al.,2008 ;Tapilatu et al., 2010).

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La biodégradation des hydrocarbures dans les environnements profonds comme les mer, nappes et sédiments profonds ; ou les champs pétrolière est probablement influencée par la haute pression (Head et al.,2003).
La pression hydrostatique est l'un des paramètres physiques qui influencent l'évolution et la distribution des micro-organismes dans le milieu...
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