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En 1580 Montaigne a commencé un voyage de 15 mois par l'Allemagne, la Suisse, l'Autriche et l'Italie. Il a visité beaucoup de bains minéraux et des stations thermales arrosantes dans les espoirs de trouver le soulagement d'une condition de calcul rénal chronique. Son journal de ces voyages a été publié en 1774. Vers la fin de son voyage Montaigne a appris de son élection en août 1580 au mandat de maire de Bordeaux, un fonction dans lequel il a alors dépensé deux termes de 2 ans.
À la fin de son terme de fonctions
Montaigne a passé la meilleure partie d'une année révisant les deux premiers livres de l'Essais et préparant le livre III pour l'inclusion dans la 1588 édition de Paris, la cinquième édition du travail. Dans 1586 tant la guerre que la peste a atteint son quartier et il s'est enfui avec son ménage dans la recherche de paix et l'air plus sain, recevant à la meilleure hospitalité réticente de ses châtelains voisins. Quand il a retourné 6 mois plus tard, il a constaté que le château a pillé, mais toujours habitable.
Les années dernières de Montaigne ont été ornées par son amitié et correspondance avec sa fille adoptive prétendue, Marie de Gournay (1565-1645), un jeune admirateur ardent qui a édité la 1595 édition étendue de ses œuvres(principalement d'annotations faites par Montaigne) et, dans sa préface, a défendu sa mémoire à la postérité. (Il était de son édition que John Florio a produit la 1603 édition de Langue anglaise, qui était une source de la Tempête de Shakespeare et le travail d'autres