Après l'annonce du Nicolas Sarkozy de son intention de réformer la procédure pénale au mois de janvier 2009, le président de la République a lancé le processus en annonçant la suppression du juge d'instruction, sachant que la loi du 5 mars 2007 qui dispose que soient créés des pôles de l’instruction regroupant au moins 3 juges dans certains tribunaux de grande instance et à qui doivent être confiées les affaires les plus importantes, avait déjà réduit les pouvoirs de ce dernier.
Le rapport du magistrat Philippe Léger, remis le 1er septembre 2009 à Nicolas Sarkozy, prévoyait de confier les pouvoirs d'enquête du juge d'instruction aux procureurs, dépendant hiérarchiquement du ministre de la Justice. Le texte prévoyait la création d'un nouveau magistrat, le juge de l'enquête et des libertés, statutairement indépendant, qui serait chargé de contrôler les investigations du parquet. Le JEL déciderait donc de toutes les mesures coercitives ou intrusives (placement en détention, écoutes téléphoniques…) et jouerait un rôle d'arbitre.
Pour les détracteurs de ce projet, la réforme faisait peser des menaces sur l'indépendance de la Justice à travers la suppression du juge d'instruction.
Le problème important soulevé concernant cette mesure est le fait que le juge d'instruction est indépendant alors que le magistrat qui devait le remplacer serait sous le contrôle directe de la Chancellerie et donc du pouvoir politique en place. Les opposants craignaient que cette mesure entraîne notamment la fin des enquêtes sensibles concernant les personnalités politiques.
De plus, au regard de la Convention Européenne, parquet n'est pas jugé indépendant, or le changement du statut du parquet devrait faire l'objet d'une réforme constitutionnelle.
Le fort mécontentement représenté surtout par l'Union syndicale des magistrats (USM) et autres auxiliaires de Justice a surement contribué a repousser la reforme jusqu'en