En novembre 2001, le mensuel Le Monde diplomatique publie un article de l'écrivain et journaliste néo-zélandais Nicky Hager, expliquant notamment la façon dont les États-Unis ont profité de la localisation de la Conférence de San Francisco (acte fondateur de l'organisation en avril 1945) sur leur territoire pour espionner massivement les diplomates présents dans leurs communications avec leur capitale respective. « Recueillis par les compagnies télégraphiques, leurs télégrammes, cryptés, furent décodés par des officiers opérant vingt-quatre heures sur vingt-quatre, puis transmis aux négociateurs américains. Ce fut un succès total... »13.
L'avenir de l'ONU passe de plus en plus par une réforme en profondeur de son fonctionnement. Jusqu'à maintenant, elle fut repoussée, mais le problème du budget, en particulier de sa dette, et celui du fonctionnement du Conseil de sécurité avec l'arrivée de nouveaux membres permanents et l'extension de son domaine de compétence, deviennent de plus en plus pressants. Durant son mandat, l'ancien secrétaire général, Kofi Annan, a commandé de nombreuses études sur les voies à suivre pour réformer l'organisation. Mais, par manque de consensus au sein des membres permanents du Conseil de sécurité, elles sont pour l'instant restées lettre morte. En particulier, John R. Bolton, représentant permanent desÉtats-Unis en août 2005, soutient une position ne faisant pas l'unanimité et gèle ainsi les possibilités de réforme.
Le 7 mars 2006, le secrétaire général des Nations unies, Kofi Annan, a proposé, dans un rapport à l'Assemblée générale, aux États membres une vaste réforme de l'administration de l'ONU, attendue par les dirigeants mondiaux après que l'Organisation eut été secouée par une série de scandales. M. Annan a présenté une série de mesures allant de la délocalisation de certains services au renforcement du système de passation des marchés. Celui-ci a été ces dernières années mis à mal par le scandale du programme « pétrole contre