Il était une fois, une jeune fille qui s'appelait Ofelia, c'était une enfant rêveuse qui aimait beaucoup les contes de fées. Un jour elle partie en voyage avec sa mère Carmen, enceinte , qui était partie rejoindre son nouveau mari, le capitaine Vidal.
La nuit de son arrivée, Ofelia fût guidée par un étrange insecte qu'elle prit pour une fée,cette fée la guida et lui enseigna le début du labyrinthe.
C'est alors qu'elle découvrit au cœur de ce labyrinthe, un faune inquiétant. Il lui révéla qu'elle serait la réincarnation de la princesse Moanna, du monde souterrain et égarée sur la Terre.
Pour en être certain et afin qu'elle retrouve ses vrais parents, le faune la metta au défi ; Ofelia devait réussir les trois épreuves, il lui donna, pour cela, un livre qui lui permettra de voir ce qu'il se passera par la suite.
Elle réussissa la première épreuve, qui consistait à récupérer une clé gardée par un crapaud géant vivant sous un arbre, pour cela elle lui fit avaler les trois pierres et il en ressorti la clée. Cette clée lui permettait de rentrer dans son royaume.
Le faune donna à Ofelia une racine de mandragore à placer sous le lit de sa mère pour qu'elle reprenne des forces, car son état de santé s'aggravait.
Ofelia, guidée par trois fées, va ensuite dans la tanière d'un ogre, nommé l'homme pâle, pour y prendre un poignard.
Une fois récupéré, elle allât à l'encontre des recommandations du faune, Ofelia avait mangé de la nourriture qui était sur la table devant laquelle l'ogre était endormi.
Cela le réveilla instantanément et lorsqu'il l'a vu, il la poursuivra.
Cependant Ofelia ne put s'échapper que grâce au sacrifice de deux des fées et grâce à la clée qui lui permettait de passer d'un monde à un autre, le monde réel où elle vivait et le monde souterrain «parfait».
Après cette épreuve, le faune fût très fâché et prit cela pour une trahison, il refusa alors de révéler la troisième et dernière épreuve à Ofelia. Dans la monde réel, la mandragore fut retiré