Flavius Joséphe nous apprendra que le roi craignait davantage le rôle de meneur de Jean, qui rassemblait des foules toujours plus nombreuses et menaçait son pouvoir. Le prophète sera enfermé dix mois. Hérode, qui viendra souvent s'entretenir avec son prisonnier, trouvera dans ces entretiens un étonnant mélange de plaisir et de perplexité. Jean-Baptiste suscitera la haine d'Hérodiade en condamnant sa conduite au nom de la loi juive qui interdisait d'épouser la femme de son frère. Cette dernière, petite-fille d'Hérode le Grand, était à la fois la nièce d'Hérode Antipas et sa belle-soeur. Pour l'épouser, le tétrarque avait dû non la faire divorcer répudier sa propre femme.

Le prophète sera décapité aux alentours du mois de mars 29, dans la citadelle de Machaerous, au bord de la Mer Noire. L'épisode de la décollation de Jean-Baptiste, comprenant le récit de la danse de Salomé, est mentionné que par deux des quatre évangélistes, Matthieu et Marc.

"En ce temps-là, le tétrarque Hérode apprit la renommée de Jésus et dit à ses familiers : "C'est Jean-Baptiste ! Il est ressuscité des morts ; voilà pourquoi se manifeste en lui le pouvoir des miracles". (Matthieu XIV, 1-12)"

Hérode fera arrêter Jean à cause d'Hérodiade, la femme de son frère Philippe ; car Jean lui disait : "Il ne t'est pas permis de l'avoir pour femme".

La fille d'Hérodiade, invitée à danser au cours de l'anniversaire d'Hérode, séduira ce dernier qui s'engagera par serment à lui donner tout ce qu'elle demanderait. Elle répondit, à l'instigation de sa mère: "Donne-moi ici, sur un plat, la tête de Jean-Baptiste". Le roi, attristé, ordonnera de décapiter Jean dans sa prison. Sa tête sera apportée sur un plat à la jeune fille, qui l'apportera à sa mère. Les disciples de Jean enseveliront le cadavre et l'ensevelirent, puis informeront Jésus. Le nom de Salomé n'est pas mentionné dans le récit de