Le terme infection désigne l'invasion d'un organisme vivant par des germes, plus précisément des micro-organismes pathogènes, comme des bactéries, des virus, des champignon ou encore des parasites. Le terme pathogène désigne ce qui est susceptible d'entraîner une maladie. Au cours d'une infection , les micro-organismes pathogènes ont une action délétère grâce à leur multiplication comme c'est le cas pour les virus par exemple. Ils peuvent également éventuellement sécréter des toxines. Une infection est soit locale soit généralisée ou encore exogène c'est-à-dire due à des germes qui provient de l'environnement. On considère qu'une infection est endogène pour les germes provenant du patient lui-même. L'infection résulte alors du passage anormal des germes digestifs dans le sang, il s'agit d'une translocation bactérienne ou d'une infection d'origine endogène. Une infection se développe avant tout quand il existe une faiblesse de défense immunitaires naturelles de l'organisme. Débute alors une compétition entre, d'une part les capacités de défense immunitaire d'un individu, et le pouvoir pathogène des germes. Les défenses immunitaires varient dans le temps et surtout en fonction de nombreux critères comme par exemple la fatigue, le manque de sommeil, le stress, les carences alimentaires etc. La pathogénicité (dangerosité) d'un germe est, quant à elle, fonction de l'inoculum c'est-à-dire du nombre de germes qui infectent un organisme. Ainsi donc, une infection se développera d'autant plus que les défenses immunitaires d'un individu sont affaiblies et que l'Inoculum sera intense. On parle quelquefois d' infection opportuniste pour désigner une infection due à un microorganisme qui ne provoque pas de maladie chez un individu sain. Les germes opportunistes sont susceptibles de devenir pathogènes c'est-à-dire d'entraîner l'apparition d'une pathologie ou maladie chez un individu dont les défauts immunitaires sont affaiblis (c'est ce que l'on appelle une