La folie est un thème récurrent dans les Rougon-Macquart. C’est, avec l’alcoolisme, une des deux tares qui mine la lignée décrite dans la fresque peinte par Zola. La folie est omniprésente dans La Conquête de Plassans puisqu’on y voit la déchéance de Marthe et François Rougon, tous deuxvictimes de la malédiction familiale. L’écrivain naturaliste qu’est Zola décrit avec une précision et une froideur scientifiques les ravages du déséquilibre qui frappe ses deux personnages. En outre, un personnage est clairement identifié comme aliéné : Désirée, la fille des Mouret. Dans La Conquête de Plassans la folie est une protagoniste.
Quand le lecteur rencontre François Mouret au début du roman, jamais il ne pourrait soupçonner le destin tragique qui l’attend. Commerçant habile qui a fait fortune, bourgeois rangé et plutôt bienveillant, son seul travers est cette manie de l’ordre domestique qui frise la maniaquerie et lui fait élever la voix quand il trouve un outil qui traîne dans le jardin ou un torchon mal rangé. Autre signal d’alarme, la perfection que François Mouret recherche dans la tenue de son jardin