Mis à part l’apport classique et mythique, L’Eau des collines se révèle également être une œuvre chrétienne, surtout dans sa deuxième partie. Pagnol ne prêche pas ; la lettre de Grafignent, par exemple, expose un christianisme sec et médiocre, et si le curé est un personnage important de Manon des sources, c’est parce que le récit le veut. Seul le prêtre a l’autorité de faire la leçon aux Bastidiens, et personne d’autre ne pourrait donc déclencher la découverte de la vérité. Si les mécréants rentrent à l’église, Pagnol fait quand même se joindre le curé à eux, de temps à autre. De plus, le « miracle » du retour de l’eau est une supercherie. C’est donc dire que la religion de Pagnol est éclairée.
Mais au-delà du rôle du curé, et l’affirmation par Pagnol des bienfaits de la confession, la dimension chrétienne du roman est au centre de Manon des sources : l’histoire présente en effet le passage de l’Ancien au Nouveau Testament. Manon, appliquant la loi du talion de l’Ancien Testament (« œil pour œil, dent pour dent »), est convaincue par Bernard de pardonner aux Bastidie