2010
276 mots
2 pages
Tutorial Annotation des Génomes {draw:rect} Introduction Recherche des gènes susceptibles de coder pour des protéines. Modélisation de la structure en opérons. Prédiction fonctionnelle des produits des gènes. Matériel Recherche des gènes codant pour des protéines Recherche des unités de transcription Recherche des promoteurs de type sigma A Recherche des terminateurs de type rho-indépendants les terminateurs constitués d'une petite tige de 5 à 7 pb très stable et d'une boucle de 4 pb suivit d'une région riche en U. Les terminateurs constitués d'une longue tige qui peut se décomposer en deux tiges imbriquées l'une dans l'autre. La première plus stable doit faire au moins 3 pb de long avec un appariement GC à son pied. La seconde est incluse dans la première et comporte au moins 3 appariements. Elle est généralement moins stable que la première. La boucle est de 3 à 7 pb de long. Synthèse des résultats Vous pouvez maintenant faire la synthèse des résultats obtenus avec les différentes méthodes de prédiction et proposer un découpage de la séquence en unités de traductions et de transcriptions. Avant aller plus loin dans l'analyse, il est nécessaire de rechercher les fonctions des protéines codées par les gènes identifiés dans cette étape. Prédiction fonctionnelle par similitude Vous devez maintenant disposer d'une séquence annotée. Nous pouvons envisager de rechercher la fonction des protéines putatives. Pour cela, nous allons utiliser une approche par similitude. Recherche dans les bases de données de séquences de protéines. Prédiction fonctionnelle par détection de signatures Localisation cellulaire des protéines Recherche de peptide signal Recherche de fragments transmembranaires faire un résumé de toutes les