Si Claude Bernard met autant d’insistance à exposer l’idée du caractère provisoire des vérités scientifiques, c’est qu’il se heurte en l’occurrence à une certaine illusion produite par « l’éducation scientifique ». L’esprit scientifique est convaincu que le « déterminisme », ligne 9, « est le principe absolu de la science » ; Claude Bernard est lui aussi persuadé par cette vérité : « … la science n’étant que le déterminé et le déterminable, on doit forcément admettre comme axiome que, dans des conditions identiques, tout phénomène est identique et qu’aussitôt que les conditions ne sont plus les mêmes, le phénomène cesse d’être identique. Ce principe est absolu, aussi bien dans les phénomènes des corps bruts que dans ceux des être vivants… ». Cette causalité qui amène un effet déterminé dans des conditions précises, sans possibilité de variabilité, et que l’on résume par le terme de déterminisme, peut effectivement amener certains esprits à considérer qu’un résultat scientifique acquis doit le rester absolument et éternellement. Du même coup, ils contestent le caractère provisoire des vérités scientifiques.
Mais Claude Bernard nous invite à distinguer le principe « général » qui reste toujours vrai absolument de ses applications : chaque vérité scientifique dépend des conditions dans lesquelles elle a été produite et démontrée, des moyens techniques et scientifiques dont disposait le savant pour la prouver et la mettre en évidence. Or ces conditions et ces moyens techniques évoluent et progressent. Par conséquent, qu’un nouveau résultat scientifique contredise le précédent ou le modifie simplement, ne signifie pas que c’est le « principe » du déterminisme qui est remis en cause, mais simplement que pour respecter ce « principe », il faut prendre en compte la nouveauté du contexte de sa découverte. C’est la raison pour laquelle Claude Bernard pense qu’il est possible d’enseigner à la fois le caractère « absolu » du « déterminisme » et le caractère « provisoire et