Il est né à Carla-le-Comte (maintenant Carla-Bayle), près de Pamiers en Ariège, second fils d’un modeste pasteur protestant. Instruit par son père, il apprend le grec et le latin. A cause de la pauvreté de sa famille il doit attendre la fin des études de son frère pour suivre un cursus au petit collège protestant de Puylaurens.

En 1669, il entre à l’université des jésuites de Toulouse, et se convertit au catholicisme. Après dix-sept mois, il abjure et revient au protestantisme, il se réfugie à Genève dans les années 1670, où il apprend les enseignements de René Descartes et entreprend des études de théologie. Il adopte, pour vivre, le métier de précepteur.

Il revient en France et pendant quelques années écrit sous le nom de Bêle et travaille comme précepteur dans diverses familles de Rouen et de Paris. En 1675 sur les instances de son ami Henri Basnage de Beauval, il présente sa candidature à l’Académie de Sedan, où, à l’issue d’un concours et en partie grâce au soutien de son futur ennemi Pierre Jurieu, il est nommé à la chaire de philosophie.

En 1681, l’Académie de Sedan est fermée, mais presque immédiatement après Bayle est nommé professeur de philosophie et d’histoire à l’École Illustre de Rotterdam. Il édite en 1682 ses célèbres Pensées sur la comète et sa critique du travail de Louis Maimbourg sur l’histoire du protestantisme. Sa grande réputation suscite l’envie de son collègue Pierre Jurieu qui écrit un livre sur le même sujet.

En 1684, Pierre Bayle commence seul la publication de son journal de critique littéraire Nouvelles de la république des lettres, qui obtient dans toute l’Europe un rapide succès.

Lors de la révocation de l’édit de Nantes, il combat dans ses écrits l’intolérance de Louis XIV, mais en même temps il compromet par ses attaques toutes les communions chrétiennes. En 1690 paraît un Avis important aux réfugiés prônant la liberté de religion et la tolérance, ce qui provoque la colère de Pierre Jurieu et celle de l’évêque de