La Charbonnerie tire son nom des rites d'initiation des forestiers (rituels forestiers) fabriquant le charbon de bois à l'origine dans le Jura et en Franche-Comté[réf. nécessaire].

Ces sociétés de « bons cousins charbonniers » sont très antérieures au phénomène politique du carbonarisme italien et de la charbonnerie française. Issues de l'ancienne corporation du métier de charbonnier, ces associations usaient de signes secrets de reconnaissance et favorisaient l'hospitalité et l'entraide. Chaque section locale d'une société des « bons cousins » s'appelle une « vente » (vendita en italien).

La tradition particulière du Compagnonnage charbonnier se réfère à la figure de Saint Thibaut, fils d'un noble champenois et à la légende prégnante du Luxembourg et de la Belgique à l'Italie, peu après l'an mil. Ce courant s'apparente au courant érémitique des camaldules et de leurs cousinages franciscains ensuite. Comme tous les compagnonnages au Moyen Âge, il fut lié à la pratique du pèlerinage de Compostelle.

Mais, à la différence des compagnonnages de maître Jacques, Salomon et du père Soubise (le plus proche car regroupant les métiers du bois et les premiers compagnonnages de couverture), la Charbonnerie refusera par essence de s'« embourgeoiser », respectant en cela volontairement ou involontairement le détachement du monde du fondateur mythique.

D'où la réalité et les légendes de leurs forêts abritant proscrits et rejetés de la société du monde, le long des siècles, depuis Jeanne d'Arc ou les guerres de religions aux rencontres « fortuites » de nobles « se perdant dans la forêt » et se faisant initier des rites des plus humbles de leurs sujets : François Ier, Henri IV...

Les sociétés secrètes sont à l'origine de la première grande vague d'agitation contre le Congrès de Vienne en Europe au début des années 1820. En raison de la répression, ces sociétés, comme les Carbonari ou la Charbonnerie, constituaient alors le seul moyen d'expression politique.

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