Le roman retrace l'aventure d'Augustin Meaulnes, racontée par son ancien camarade de classe, François Seurel, devenu son ami.
Première partie
Augustin Meaulnes arrive, par « un froiddimanche de novembre », comme pensionnaire au Cours supérieur de Sainte-Agathe. Il est logé dans la même mansarde que François, le fils de l'instituteur. Son âge et sa personnalité le font vite surnommer« le grand Meaulnes » par les autres écoliers. Lors d'une escapade, « huit jours avant Noël », Augustin arrive par hasard dans un domaine mystérieux où se déroule une fête étrange et poétique, pleined'enfants. Le château, à demi-ruiné, est bruissant de jeux, de danses et de mascarades. Meaulnes apprend que cette fête est donnée à l'occasion des noces de Frantz de Galais. Une promenade en bateau surl'étang est offerte aux convives ; Meaulnes y rencontre une jeune fille dont il tombe aussitôt amoureux. Il ne fait cependant qu'échanger quelques mots avec elle : elle lui dit son nom, « MademoiselleYvonne de Galais », mais lui demande de ne pas la suivre. Au retour, on apprend que la fiancée tant attendue s'est enfuie ; le mariage n'a pas lieu et la fête prend fin tristement.
Deuxième partieRevenu à sa vie d'écolier, Meaulnes n'a plus qu'une idée en tête : retrouver « le domaine mystérieux » et la jeune fille qu'il aime. Ses recherches restent infructueuses, malgré l'aide de François etd'un jeune bohémien fantasque à la tête bandée, arrivé à l'école de Sainte-Agathe et qui se révèle être Frantz de Galais. Augustin part pour Paris poursuivre ses études et tenter d'y retrouver Yvonnede Galais, dont Frantz, son frère, lui a donné l'adresse. Nouvel échec : « il vaut mieux tout oublier », écrit-il à son ami François.
Troisième partie
C'est par hasard que François Seurel, qui vadevenir instituteur à son tour, retrouve la piste de la jeune fille aux environs du Vieux-Nançay ; il en apporte « la grande nouvelle » à son ami Meaulnes, revenu dans son pays. À l'issue d'une... [à