Le protestantisme et l’intolérance
L’Église catholique ne détient pas pour autant le monopole de l’intolérance religieuse. Conduits par le théologien Jean Calvin, les protestants instaurèrent un régime de terreur. D’ailleurs, P. Schaff, un historien protestant d’origine suisse, reconnaît: “À la grande honte des Églises protestantes, l’intolérance religieuse et la persécution à mort continuèrent bien après la Réforme. À Genève, la théorie pernicieuse fut employée tant par l’État que par l’Église ; on eut recours à la torture et on accepta les dépositions des enfants contre leurs parents, tout ceci avec le consentement de Calvin.” Et lorsque sa théologie sur la prédestination et sur la trinité fut mise en doute par Jérôme Bolsec et par Michel Servet, Calvin bannit le premier de Genève, fit arrêter le second et le fit juger comme hérétique. Michel Servet périt sur le bûcher. D’autres “hérétiques” furent aussi brûlés vifs dans Genève, la ville de Calvin, avec l’approbation de théologiens protestants comme Théodore de Bèze.
Martin Luther fit lui aussi montre d’une grande intolérance. Non seulement il devint un antisémite notoire, mais il fit brûler quatre “sorciers” à Wittenburg.
Aux XVIe et XVIIe siècles, la France et l’Allemagne furent déchirées par de féroces guerres de Religion dont les atrocités étaient perpétrées tant par les catholiques que par les protestants

Domaine religieux
Dans le domaine religieux, les philosophes critiquent les dogmes injustifiés, qui vont à l'encontre de la raison. Ils dénoncent le fanatisme, les rites et surtout la prétention de la religion de tout expliquer. Ils prônent la tolérance religieuse. Ils stigmatisent également le pouvoir de l'Église et critiquent la non-mise en pratique des valeurs de ses dogmes (par exemple lorsqu'elle cautionne la guerre)
Voltaire est déiste : pour lui, le salut est dans l'action pour le Bien. Il croit en un Dieu ("Grand Horloger"), au commencement de toute chose mais dénonce les croisades