La notion même de véhicule propre est contestée, car : hormis certains véhicules à traction animale, humaine (vélo et skate principalement) ou humaine assistée (vélo à assistance électrique), les véhicules émettent tous des polluants non biodégradables et/ou des gaz à effet de serre (principalement le dioxyde de carbone). Leur usure et fonctionnement sont sources de pertes de fluides (liquides de freins, frigorigènes, huiles lourdes), de particules (suies, métaux, usure des pneus, micro ou nanoparticules perdues par les pots catalytiques..), hydrocarbures, monoxyde de carbone et NOx, etc. les batteries posent toujours de sérieux problèmes de recyclabilité, et la filière énergétique qui alimenterait une vaste flotte électrique peut demeurer polluante ou dangereuse. la fabrication du véhicule lui-même emploie des ressources. Par exemple, le fer des carrosseries et du moteur nécessite une industrie sidérurgique lourde, qui reste parmi les premiers responsables des émissions de CO2. L'aluminium, les céramiques ou la fibre de carbone sont très consommateur d'énergie, les plastiques proviennent essentiellement du pétrole, etc ; enfin, les véhicules à roues nécessitent encore des infrastructures lourdes (routes, ponts, tunnels, parkings, réseaux d'éclairage contribuant à la pollution lumineuse), et réseaux de distribution de carburant ou de recharge de batteries, etc.). Les véhicules motorisés à roues circulant à l'air libre, même s'ils pouvaient être non-polluants, continueront à générer des effets collatéraux via leurs routes qui contribuent notamment au « roadkill » et à la fragmentation écologique des milieux, à la pollution par le sel de déneigement, etc.
La notion de véhicule propre est donc « relative » : certains véhicules sont plus propres que d'autres, mais aucun véhicule à moteur n'est propre dans l'absolu, quel que soit son mode d'alimentation. D'où peut-être le concept de « véhicule décarboné », c’est-à-dire un véhicule ayant les plus faibles niveaux