Lors de la coupe de l’oignon, nous provoquons un cataclysme inévitable au niveau microscopique de celui-ci. En effet lorsque nous enfonçons la lame du couteau dans l'oignon, nous perçons les cellules qui le constituent et entraînons la déchirure des parois cellulaires, des vacuoles.
C'est alors que les cellules endommagées vont libérer différentes substances qui vont réagir les unes avec les autres et nous mener jusqu'au larmoiement.
Une première réaction a lieu entre une enzyme présente dans la vacuole, l'alliinase et un précurseur du facteur lacrymogène contenu dans le cytoplasme.
Ce précurseur, est également appelé 1-propényl-L-cystéine-sulfoxyde. L'alliinase, libérée de la vacuole va catalyser l'hydrolyse (en présence d'eau) du précurseur. De cette réaction le précurseur se transformera en trois produits : un peu d'ammoniac (NH3), de l'acide propénylsulfénique (C3H6OS), ainsi que de l'acide pyruvique (C3H4O3).

L'ammoniac et l'acide pyruvique, ne sont pas responsables des larmes. En effet, l'ammoniac lui est présent en trop faible quantité, l'acide pyruvique lui n'est qu'une molécule responsable du gout piquant de l'oignon.
Cependant, l'acide sulfénique n'est pas le responsable du larmoiement.

Effectivement, l'acide sulfénique étant une molécule instable, il se produit dans l'oignon, une deuxième réaction, dans laquelle l'acide sulfénique va être catalysée par une autre enzyme présente dans l'oignon : la Lacrymo Factor-synthétase. On obtiendra de cette réaction un gaz lacrymogène volatil, le S-oxyde de propanenthial